El Consejo Latinoamericano de Ciencias Sociales (Clacso) es una institución no gubernamental creada en 1967 con el propósito de construir una red para promover el conocimiento y la discusión sobre temas sociales de interés en Latinoamérica. El Consejo ha ido creciendo y hoy en día cuenta con 370 centros de investigación afiliados y 650 programas de maestría, además de ser un referente en la creación de intelecto para la región. Basado en lo anterior, el Icefi comenzó el proceso de afiliación a Clacso en 2013, como una oportunidad para fomentar tanto la discusión intelectual sobre Centroamérica como el crecimiento personal de su equipo, pues ambas dimensiones forman parte fundamental del futuro del Instituto.

Asimismo, el Icefi cree en aportar diferentes visiones a temas de Centroamérica y la región Latinoamericana, algo que Clacso logra unificar. Durante el proceso se contó con el apoyo de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (Flacso) en Guatemala, específicamente a través de su directora, Beatriz Zepeda, y con el del Instituto de Investigaciones y Gerencia Política de la Universidad Rafael Landívar (Ingep/URL) a través de su director, Fernando Valdez. El aval de dichas instituciones, aunado a la visión del Icefi permitió que Clacso lo incorporara como su socio. La filiación a esta prestigiosa institución, contribuirá a consolidar la visión del Instituto, al propiciar un mayor acercamiento a la academia, a la discusión sobre nuevas metodologías y la expansión de conocimiento sobre temas sociales.